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你全身上下都有哪些微生物,这个人都可以给你画出来

http://www.it09.cn 时间:2016-06-25 10:07来源:IT09数码网

皮特·德利斯特恩的方法能够揭示微生物在复杂群落中的作用与功能。图片来源:Sandy Huffaker

皮特·德利斯特恩的方法能够揭示微生物在复杂群落中的作用与功能。图片来源:Sandy Huffaker

  

  皮特·德利斯特恩利用质谱技术来“窃听”微生物世界里的分子交谈。

  除了一张跑步机办公桌,皮特·德利斯特恩(Pieter Dorrestein)在加利福尼亚大学圣迭戈分校(UCSD)的办公室并没有什么特别:一张圆形工作台周围摆满了椅子,书架上满是期刊、论文和书籍,还有许多表彰他个人及其工作的奖章。

  但一旦他开始给来访者演示他的工作,一切突然就变得神奇了起来。他在电脑上打开一份3D的空间展示画面:画面中有四个人围坐在桌子旁,其中一个就是德利斯特恩本人——他们看起来就像是被溅上了颜色鲜亮的油漆。为了制作这个画面,研究人员将房间的每个平面,甚至包括屋子里的人用棉签擦拭了几百次,然后用质谱技术分析棉签来鉴定其中的化学物质。

  这幅画面揭示了许多关于这个空间和空间里的人的信息。德利斯特恩的两名同事是重度咖啡饮者:在他们的手上和脸上检测到了咖啡因的斑点,同时在地板上也有相当大的一块斑点,那是一片之前残留的咖啡渍。德利斯特恩不喝咖啡,但也在四处留下了踪迹——既有个人护理用品,也有他根本都不记得自己用过的普通甜味剂。他很惊讶,他触碰过的许多地方甚至发现了驱虫剂避蚊胺(DEET),但他至少六个月没有用过这种化学物质了。

  画面里也有办公室其他生物的踪迹,比如寄居在人体皮肤上的微生物。德利斯特恩曾用质谱技术观察过这些微生物产生的小分子代谢产物,得到了关于微生物如何形成群落并与其他微生物、人类寄主以及它们寄居的环境互相作用的详细图象。

  他分析了来自植物、海水、偏远部落以及人类患病肺部等的微生物群落,想要发现这些化学物质之间的交流方式:它们是怎样告知彼此某个地方是否适合寄居,又是如何为了领地而战斗的呢?这项工作可以鉴定出先前未知的微生物及它们产生的有用物质,比如说抗生素。

  “这项研究的应用十分广泛,”加利福尼亚大学旧金山分校(UCSD)格莱斯顿研究所的比较基因组学专家凯蒂·波拉德(Katie Pollard)评论道。由于许多微生物都无法直接培养和研究,所以这些原位(in situ)检测方式的出现影响重大。”同时,上个月美国白宫科学技术政策办公室公布的,投资5.21亿美元的国家微生物组计划(National Microbiome Initiative)中的部分研究目标,也可通过这项技术直接实现。该计划公布时,德利斯特恩也在现场。

  在这个快速发展的领域,德利斯特恩仍旧潜心于构建实用工具,以及进行富有成效的合作,这使他分外引人注目。“皮特是真的对此感兴趣,并且非常具有创造性。”西北太平洋国家实验室的生物科学主管珍妮特·扬松(Janet Jansson)说道。她曾于今年四月到访UCSD,当时德利斯特恩问她,能否擦拭她的一只手用以实验研究。“我说,‘太好了!可以的!我想要参与到这项研究中来!’”扬松回忆道,“他的研究既有趣又激动人心,所有人都非常愿意参与进来。”

  攀岩时做出的人生选择

  德利斯特恩成长于新西兰。16岁时他到美国亚利桑那州的图森走亲戚,在那里迷上了攀岩这项运动。由于自己家乡地形平坦,根本没有攀岩的场地,他申请到位于弗拉格斯塔夫的北亚利桑那大学读书——这里位于亚利桑那、新墨西哥、科罗拉多和犹他四州的交界处,有大量的石山可以攀登。他的专业是地理和化学,可他仍一心扑在攀岩上。但1998年大学毕业后,攀爬加利福尼亚州约塞米蒂国家公园中一面900米高的岩壁的经历令他开始重新思考人生规划。

  当时他的最高一处固定点距离顶端的岩石只有50米,他意识到如果自己这时没抓稳,就会飞速往下掉落100米,直到安全绳索绷紧,把他狠狠砸在花岗岩上。他说,自己当时感到的不是害怕,而宁可说是他的无畏困扰着他。“我当时想,如果我继续攀岩事业,可能不会有什么好结果,”他回忆道,“所以我用绳索降了下去。”

  那天,他开车回到位于弗拉格斯塔夫的家,开始填写申请研究生的表格。最后他来到了康奈尔大学研究微生物产生小分子物质(比如维生素B1)的机理。就是在这里,他第一次接触到质谱(mass spectrometry)技术。

  通俗地说,质谱技术就是将复杂的分子破碎分离,使其离子化并且测量出碎片分子的质量,从而计算样品分子组成成分的技术。德利斯特恩就是利用这种像条形码一样的质谱技术,为样品中的每种化学物质创造出各自特异的标记。

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